Als psycholoog/supervisor verwierf Runia vooral bekendheid door het gebruik dat hij maakte van een fenomeen dat parallel processing genoemd wordt. Parallel processing treedt op als iemand gedrag dat hij/zij van iemand anders heeft ondervonden onbewust kopieert in de manier waarop hij/zij zich jegens een derde opstelt. Zo kan een huisarts die zich gekleineerd gevoeld heeft door een patiënt, onbewust de supervisor met wie hij deze patiënt bespreekt proberen te kleineren. Parallel processing is een vorm van acting out waarin iemand de pijn die hij/zij (zonder het zich te realiseren) zelf heeft ondervonden, probeert onbewust op iemand anders over te dragen.
In een geruchtmakend artikel uit 2004 paste Runia dit uit de psychologie afkomstige methodische inzicht toe op een historisch fenomeen. In het artikel (later uitgewerkt tot boek) laat Runia zien hoe de NIOD-historici die het rapport over de Nederlandse rol in Srebrenica schreven onderhevig waren aan parallel processing: zij gingen de meest traumatische aspecten van de Srebrenicamissie uit de weg en ‘verhaalden’ deze onbewust op hun publiek. Een van Runia’s voorbeelden is dat de NIOD-historici ervan afzagen de Nederlandse strategie van ‘afschrikken door aanwezigheid’ aan een kritische analyse te onderwerpen, maar hem in plaats daarvan ‘herhaalden’ door hun critici af te schrikken met intimiderende schoten voor de boeg.
Runia’s proefschrift De pathologie van de veldslag viel niet alleen op omdat het voor een literaire prijs genomineerd werd maar ook omdat het een van de eerste boeken was waarin afstand genomen werd van de postmoderne visie op geschiedenis die sinds de jaten zeventig van de twintigste eeuw dominant was. In die postmoderne visie op geschiedenis – belichaamd door bijvoorbeeld Hayden White en Frank Ankersmit – is denken over geschiedenis altijd denken over taalstructuren; het axioma is dat het niet mogelijk is buiten die taalstucturen te treden en zinnige dingen te zeggen over de directe ervaring. Runia laat in De pathologie van de veldslag zien dat het postmoderne denken over geschiedenis een variant is van de historistische kijk op geschiedenis waar Tolstoj zich in Oorlog en vrede zo fel tegen verzet. Oorlog en vrede is in Runia’s visie een anti-historistische Bildungsroman waarin de hoofdpersonen zich langzaam maar zeker losmaken van de manier waarop historici de wereld codificeren en leren de wereld te ervaren zoals hij is.
Internationaal veel weerklank kreeg Runia voor zijn voorstel voor een nieuw, ‘post-postmodern’, geschiedtheoretisch paradigma. In zijn boek Moved by the Past betoogt Runia dat geschiedtheoretici zouden moeten ophouden louter oog te hebben voor de manieren waarop historici het verleden kleuren door hun eigen subjectiviteit (bijvoorbeeld belichaamd door de taalstructuren waarbinnen zij opereren). Veel relevanter is het, aldus Runia, om het omgekeerde te doen – en te kijken naar de manieren waarop het verleden de historicus kleurt (zoals het geval was bij de NIOD-historici). Runia’s benadering bouwt voort op Freuds these dat het verleden niet slechts datgene is wat we achter ons gelaten hebben maar dat het eine aktuelle Macht in het hier-en-nu kan zijn. Deze benadering – die bekend werd als het presence-paradigma – werd aanvankelijk heftig bekritiseerd maar vond toch ook veel navolging binnen de geschiedfilosofie. Het presence-paradigma bleek ook in bijvoorbeeld de museumwereld, de literatuurwetenschap, het denken over rouwverwerking, memory studies en de geografie tot vruchtbare inzichten te kunnen leiden.
Een van de resultaten van Runia’s Committing History-project was dat het een nieuwe manier toonde om geschiedenis te verbinden met de evolutietheorie. Waar historici traditioneel vooral oog hebben voor continuïteiten, laat Runia in Moved by the Past zien dat revolutie een essentieel bestanddeel is van de menselijke culturele evolutie. In zijn theorievorming doet hij een beroep op wat evolutiebiologen stress-induced mutation noemen: het fenomeen dat een populatie op een (stress opleverende) catastrofe kan reageren door zodanig te muteren dat het die catastrofe het hoofd kan bieden. Runia stelt dat dieren voor zo’n evolutionaire groeispurt een externe oorzaak nodig hebben, maar dat de mens heeft geleerd zijn evolutie op gang te houden, ja te versnellen, door periodiek zijn eigen ‘catastrofes’ te creëren. Hij doet dit door, zoals Runia het uitdrukt, op onbewaakte ogenblikken ‘zijn eigen beste vijand’ te zijn: door periodiek situaties te creëren waarin hij wel moet veranderen. In Moved by the Past zijn het vooral de grote historische discontinuïteiten (revoluties, oorlogen, maar ook bijvoorbeeld de introductie van de euro) die als catastrofe fungeren. In Runia’s meest recente onderzoek stelt hij dat er een veel fundamentelere – en efficiëntere – manier is waarop mensen hun eigen selectiedruk organiseren: door het omarmen van wat Runia ‘zelfregulatiesystemen’ noemt. Als voorbeelden van zelfregulatiesystemen noemt hij ‘eer’, de bereidheid je onder een wet te stellen, het christelijke gebod je naaste lief te hebben als jezelf en de plicht je talenten maximaal te laten renderen.